Suite à la détection du coronavirus SARS-CoV-2 dans des eaux usées en France et dans d’autres pays, l’Ifremer a effectué des analyses pour vérifier que ce virus n’était pas présent ni dans l’eau de mer ni dans les coquillages du littoral français.
Mi-avril, des analyses des eaux usées de régions fortement touchées par l’épidémie de Covid-19 comme la région parisienne et le Grand Est, ont révélé la présence du génome de SARS-CoV-2, avec des quantités corrélées avec le nombre de personnes hospitalisées (Wurtzer et al. ). Les eaux usées, étant des réceptacles des rejets humains, reflet des micro-organismes présents dans la population humaine. Suite à cette détection du coronavirus SARS-CoV-2 dans les eaux usées en France, mais aussi dans d’autres pays, l’Ifremer a effectué des analyses pour vérifier si ce virus pouvait être présent dans l’eau de mer et dans les coquillages du littoral français.
L’équipe de Soizick Le Guyader, virologiste et responsable du laboratoire nantais « Santé environnement et microbiologie » (LSEM) de l’Ifremer, s’est appuyée sur le réseau des laboratoires « Environnement – Ressources » (LER) de l’institut pour réaliser des prélèvements et les acheminer jusqu’à Nantes. Elle a également affiné son protocole de recherche du SRAS-CoV-2 afin d’assurer la fiabilité des analyses. Ce protocole par PCR est semblable à celui utilisé pour le dépistage chez l’homme : il permet de détecter le génome du virus dans les échantillons.
Concrètement, pour savoir si des traces de SARS-CoV-2 étaient présentes dans des eaux usées, le LSEM a mis en place un plan d’échantillonnage sur trois stations d’épuration du Grand Ouest : deux provenant d’une zone urbaine et une d’une zone littorale. Selon les stations, l’échantillonnage s’est échelonné entre le 16 mars et le 12 mai 2020. Cette étude est adossée au projet européen H2020 VEO (Versatile Emerging infectious disease Observatory).
Résultats négatifs
Aucune trace du coronavirus SARS-CoV-2 n’a été détectée dans des échantillons d’eau de mer ou les coquillages prélevés sur les différentes façades du littoral français, a annoncé lundi l’Ifremer. « Les résultats des premières analyses moléculaires (…) sont négatifs : aucune trace du coronavirus SARS-CoV-2 n’a été détectée dans les échantillons d’eau de mer et de mollusques analysés », a annoncé l’Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer (Ifremer) dans un communiqué.
Les sites de prélèvement de coquillages avaient été sélectionnés selon leur exposition aux sources de contamination fécale d’origine humaine : 3 sites sur la côte normande, 8 sur les côtes bretonnes, 8 sur la façade atlantique et 3 sur la façade méditerranéenne.
Deux échantillons de moules et 19 échantillons d’huîtres creuses ont ainsi été prélevés entre le 22 et le 27 avril 2020. Parmi ces échantillons, 6 ont présenté des traces de norovirus signant une contamination par des rejets humains mais aucun échantillon de coquillages n’a présenté de trace de SARS-CoV-2.
En outre, quatre échantillons d’eau marine potentiellement soumise à des rejets humains ont été prélevés et aucun n’a présenté de traces de SARS-CoV-2. « Même si elle ne vaut pas certitude pour l’ensemble des coquillages et des eaux marines métropolitaines, l’absence de traces du SARS-CoV-2 révélée par notre étude est une bonne nouvelle », souligne Soizick Le Guyader, virologiste et responsable du laboratoire nantais « Santé environnement et microbiologie » (LSEM) de l’Ifremer, citée dans le communiqué.
Poursuite des prélèvements et des analyses
« Prouver l’absence réelle du virus est un art difficile », relève la chercheuse. « Nous avons donc décidé de poursuivre nos prélèvements et nos analyses sur les mêmes sites tous les 15 jours pendant encore plusieurs mois, afin de suivre les éventuels effets d’une circulation potentiellement accrue du virus dans la population dans le contexte de la levée progressive des mesures de confinement ».
L’Ifremer a également prélevé 13 échantillons d’eaux usées en entrée de 3 stations d’épuration du Grand Ouest. Les premiers résultats d’analyses sont « attendus prochainement ».
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